2000年7月，原南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并建立新的南京经济学院后，原江苏财专财政系和南京经济学院财政教研室合并成立了财政学系，同年9月开始招收财政学专业本科生。2003年8月财政与税务学院成立后，经教育部批准，开始招收税务专业本科生。2006年2月经国务院学位委员会批准，财政学（含税收学）专业获得硕士学位授予权，2007年9月开始招收首届硕士研究生，2008年6月财政学专业被评为江苏省特色专业建设点。

　　财税学院下设财政学系、税务系、财税研究所、江苏省财税干部培训中心、财政信息化模拟实验室、税收信息化模拟实验室等机构。现有财政学和税务2个本科专业和财政学（含税收学）硕士点，设有税收与经济发展、财政理论与政策、比较财税制度3个研究方向。

　　截止2008年12月底，学院共有教职工33人，其中专职教学科研人员24人，有教授5人，副教授10人，其中博士（含在读）10人，教师中被聘为硕士生导师的6人。全院全日制在校本科生和研究生近1000人。学院还聘请了一批学术造诣深厚并具有丰富管理实践经验的学者、专家和政府官员担任兼职或客座教授。

　　自2003年本院成立以来至2008年底，本院教师已主持省部级以上课题20多个，获得省部级以上教学、科研奖项20多项，在《经济研究》、《财贸经济》、《财政研究》和《税务研究》等核心期刊发表了100多篇学术论文。